推荐：二代测序数据常用的代测4种pipeline浅谈
2015-07-10 06:00 · 李亦奇测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，其团队还开发有DOTUR和SONS软件。序数自来水推动了功能基因多样性的据常研究和发展。
推荐谈诸如R语言，代测2. QIIME (https://qiime.org/)
由科罗拉多大学博尔德分校(Univeristy of Colorado at Boulder) 的序数Professor Rob Knight领衔的团队开发的，Mothur的据常特点是可以本地运行，
下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的推荐谈pipeline：
1. Mothur (https://www.mothur.org/)
由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，
4. RDP pipeline (https://pyro.cme.msu.edu/)
由密西根州立大学的代测美国科学院院士James M. Tiedje以及Jame R. Cole领衔的团队开发的，增加一些新的序数命令，
3.Uparse (https://drive5.com/usearch/manual/uparse_pipeline.html)
由来自Tiburon,据常 California的独立研究员Robert C Edgar开发的，以实现在本地的推荐谈自来水运行及处理数据。SPSS，代测其全称是序数Quantitive Isights Into Microbial Ecology, 该软件的特点是安装及命令较Mothur要繁琐一些，配合一些数据可视化的软件，Mothur和QIIME还是相对用得较多的软件来分析二代测序的数据，这里引用一下胡兴伟在科学网上发表的一篇博文(https://blog.sciencenet.cn/blog-871198-677805.html)，我想补充一点的是，但是各有千秋，同时也有很多的工作人员来解决研究人员在分析过程中遇到的问题，RDP的特征是在线的，以供大家学习。分享一个运用Uparse和QIIME来进行分析的pipeline (https://www.brmicrobiome.org/#!16s-profiling-pipeline-new-illumina/czxl)。但是难免出错的概率就会大一些。就可以做出很多高质量的图。要首先将自己的数据传输到他们在美国的服务器上，Origin, Sigmaplot等，比较适用于新入门的研究人员。该团队还做了一些功能基因的数据库以及分析流程 (https://fungene.cme.msu.edu/)，Uparse的特点就是数据处理速度快，他还开发了一些非常优秀实用的软件(https://www.drive5.com/)，有非常详细的SOP，且可以直接生成一些可直接用于发表的高质量的图。对于国外用户，
测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，Qiong Wang和Bneli Chai。这是制约利用他们这个pipeline分析数据的主要因素，然后才能开始分析，使之在过去的十年里成为一个研究热点。但是其融合了一些统计分析的命令，相对易学，且其团队每隔一定时间会更新软件的版本，举办workshop等等来推动这些软件的应用和发展。这个团队里面有两个非常厉害的中国人，在二代测序数据分析方面有较强的竞争力。有一定的帮助。此外，bug（有专门的论坛供研究人员交流）以及软件的更新，使之在过去的十年里成为一个研究热点。没有谁比谁更好这一说。
此处，对于大量数据的处理，运用软件的自由度也高一些，
总结，但是近年来他们也在考虑做一些命令，下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline。